La moglie di Mozart, Constanze, ricordò che il compositore era terrorizzato dall'idea che qualcuno lo avesse avvelenato con l'acqua tofana, un veleno a base di arsenico inventato da una fattucchiera siciliana. Detto veleno veniva in origine venduto come cosmetico miracoloso che si diceva fuoriuscisse dalla sepoltura di San Nicola di Bari, patrono delle guarigioni, e pare che molte donne la utilizzassero per avvelenare mariti scomodi. Nel corso della sua malattia, Mozart aveva ritrattato questa sua accusa, benché a Vienna le voci continuassero a girare. Nel 1791, un quotidiano berlinese scrisse che per molti il gonfiore post-mortem del corpo del compositore appariva piuttosto sospetto, aggiungendo che Mozart era oggetto, in vita, di diversi intrighi: cosa volevano insinuare? Per la maggior parte dei suoi numerosi biografi, Mozart morì per forti febbri reumatiche o per un'uremia causata da un avvelenamento dei reni. I teorizzatori della patologia nefritica sostengono che il sopra citato gonfiore del corpo e l'orribile sapore che il compositore asseriva di percepire rientrano perfettamente nel quadro clinico, così come la sua anamnesi di infezioni streptococciche. Altre due possibili diagnosi formulate sono state quella di ipertiroidismo e di trichinosi, quest'ultima forse dovuta a un pasto a base di costolette di maiale. Ad ogni modo, quel che appare chiaro è che Mozart, in vita, non era certo di robusta costituzione, come dimostrano le frequenti malattie da lui patite: tonsillite (1765), tifo (1765), vaiolo (1767), congelamento (1770), epatite (1771), ascesso dentale (1774), bronchite (1780). Potrebbe anche essere che, secondo altri biografi, il compositore si sia spento principalmente a causa del gran lavoro: avrebbe richiesto troppo al suo fisico e alla sua mente, in un atto non di umiltà.
I tedeschi Dieter Kerner e Gunther Duda, medici, biografi e cospirazionisti, evidenziano un rapporto contemporaneo secondo il quale Mozart sarebbe deceduto per avvelenamento da mercurio: atto voluto o avvelenamento accidentale? Il mercurio era all'epoca usato per la cura della sifilide. Obiezione: se di avvelenamento da mercurio si è trattato, come mai non vi è traccia del minimo tremore nelle composizioni del musicista? Qualche anno dopo la morte di Mozart, qualcuno puntò il dito contro il compositore veneto (conterraneo di chi scrive il presente articolo) Antonio Salieri, dipinto a torto come un mostro di invidia. Ma anche bene Salieri avesse avvelenato Mozart, perché ,o avrebbe fatto? Mozart e il padre ritenevano che il musicista avesse cospirato a corte per sminuire le opere di Mozart stesso, in particolare Il ratto dal serraglio e Le nozze di Figaro e, più in generale, per rovinargli la carriera, poiché sarebbe stato roso dall'invidia, come accennato poc'anzi. In verità, Salieri non aveva alcun motivo per invidiare Mozart, dal momento che il primo, all'epoca, era Kapellmeister all'Opera italiana, forte, peraltro, della protezione dell'imperatore austriaco Giuseppe II : Salieri, a Vienna, era dunque più famoso di Mozart. Sembra inoltre che i due musicisti intrattenessero rapporti amichevoli: si prestavano spartiti, facevano riferimento l'uno alle composizioni dell'altro e collaborarono per uno spettacolo lirico che includeva due opere. Addirittura, Mozart condusse Salieri alla rappresentazione del Flauto magico: a Salieri piacque moltissimo. Grazie al famoso film Amadeus (1984), diretto da Milos Forman e sceneggiato dal commediografo Peter Shaffer, ebbe notevole risonanza la leggenda dello straniero in grigio. Il trailer presentava una spettrale figura, vestita in grigio, che spronava Mozart a terminare la Messa da Requiem (che ascolto sempre con piacere), tormentandolo fino a condurlo alla tomba.
Oggi sappiamo chi effettivamente era quell'uomo: era niente meno che l'inviato del conte von Walsegg-Stuppach, il quale desiderava il Requiem per farlo eseguire in occasione della messa per la morte della moglie. L'unico aspetto inquietante del suddetto incarico, oltre alla depressione e alla malattia in cui piombò Mozart poco dopo aver iniziato l'opera, fu che il conte voleva far passare il Requiem come opera sua. L'interpretazione dello sceneggiatore è che il conte volesse provocare la malattia e la morte del compositore: ma sarebbe pura fantasia. Vi è un'ulteriore pista: quella che alluderebbe al Mozart massone. Nello specifico, nella sua ultima opera, Il flauto magico, il compositore avrebbe tradito alcuni segreti massonici e sarebbe stato condannato a morte e gli sarebbe inoltre stata negata la sepoltura. Questa ipotesi fu diffusa in epoca nazista dal generale Ludendorff e dalla moglieMathilde, ossessionati da massoni ed ebrei . Secondo costoro, le due comunità avevano collaborato nell'avvelenare Mozart, anche se non viene esaurientemente spiegato come facessero ad essere così a stretto contatto, dal momento che, nel Settecento, gli ebrei erano esclusi dalle logge massoniche. Un corollario più interessante della tesi massonica si può trovare nel libro di Dieter Kerner sulla morte di Mozart, pubblicato nel 1967, anche se si rifà parecchio alla tesi dei coniugi Ludendorff. A quanto sembra, il frontespizio del primo libretto del Flauto magico, con un'incisione creata dai massoni, contiene otto allegorie della divinità romana Mercurio: Kerner ritiene che Mozart sia stato avvelenato col mercurio. Ma c'è di più: in alchimia, il numero otto è connesso al colore grigio, collegato a sua volta al Mercurio. Seguendo questa ulteriore pista, l'uomo in grigio sarebbe stato un inviato massonico col compito di avvertire Mozart della sua imminente dipartita , cosa che spiegherebbe la febbrile ed improvvisa smania del musicista di comporre il Requiem.